北部湾大学2006年升格为本科院校后，学校审计室作为内部审计机构，与学校纪委办公室、监察室合署办公。2015年12月独立设置，更名为“审计处”。2016年10月设立财务审计科和工程审计科两个科室，现有专职审计人员6人。审计处的主要职责是依照国家法律、法规、政策以及学校的有关规定，对学校及所属单位的财务收支情况及有关经济活动的真实性、合法性、效益性、适当性、有效性进行审查、确认、评价和咨询，旨在促进学校完善治理、防范风险、创造效益、增加价值和实现目标。主要承担的审计事项有：财务预算编制执行及决算、财务收支及有关经济活动、干部经济责任、专项资金使用、基建修缮工程项目建设全过程、物质采购预算审核、经济合同审核、固定资产使用和管理等。